Музеј Војводине обавља и послове у области матичности над музејима и музејским збиркама на територији АП Војводине. Ова надлежност је после више од десет година мировања потврђена 19. фебруара 2003. године, од када се континуриано врше послови: евидентирања установа заштите покретних културних добара, стицање увида у стање покретних културних добара, предузимање мера у вези са њиховом заштитом и коришћењем, стручни надзор и пружање помоћи, нарочито у домену примене савремених метода рада и др. Матична служба имала је велику заслугу у осавремењавању рада кроз процес дигитализације у покрајинским музејима кроз примену информационог система Имус.
Током 2017. године Комисија за стручни надзор Музеја Војводине (Илија Комненовић, председник, и чланови тима: Тијана Станковић Пештерац, Лидија Мустеданагић, Љиљана Трифуновић, Зорана Ђорђевић, Александра Стефанов и Наталија Вуликић), обишла је и стекла увид у стање музејских предмета и збирки, њихову дигитализацију, као и рад следећих установа: Градског музеја Суботица, Градског музеја Сомбор и Народног музеја Зрењанин.
