Muzej Vojvodine ima intenzivnu međunarodnu saradnju. Saradnja sa inostranim muzejskim ustanovama odvija se kroz različite forme: razmenom izložbi i stručnjaka, učešćem na međunarodnim i stručnim skupovima, zajedničkim istraživačkim projektima i razmenom muzejskih izdanja. Sedamdesetih godina muzej je imao saradnju sa 12 zemalja i 15 muzejskih institucija.
Pored navedenih oblika saradnje, Muzej Vojvodine učestvuje na međunarodnim naučnim skupovima i pozajmljuje svoje predmete muzejima u inostranstvu. Na ovaj način Muzej sarađuje sa muzejima iz preko 20 zemalja Evrope.
Putem razmene muzejskih izdanja, Muzej Vojvodine održava veze sa 192 institucije kulture iz 29 zemalja sveta.
Muzej Vojvodine je od 2008. do 2017. godine potpisao protokole o saradnji sa sledećim ustanovama:
- Istitut za istoriju i protoistoriju Kristijan Albrehts Univerziteta, Kil, Nemačka
- Institut za arheologiju i etnologiju PAN (Poljska akademija nauka), Varšava, Poljska
- Federalna Državna budžetna institucija nauke Instituta istorije materijalne kulture Ruske akademije nauka, Sankt Peterburg, Ruska federacija
- Federalna Državna budžetna institucija kulture „Državni Ermitaž“, Sankt Peterburg, Ruska federacija
- Povijesni i istorijski muzej Istre, Pula, Hrvatska
- Federalna Državna budžetna institucija nauke Arheološkog instituta Ruske akademije nauka, Moskva, Ruska federacija
- Federalna Državna budžetska institucija kulture „Državni istorijski muzej“, Moskva, Ruska federacija
- Državna istorijska i kulturna ustanova „Dvorski kompleks u Gomelju“, Gomelj, Belorusija
- Muzej Banstkog sela – Temišvar, Temišvar, Rumunija
- Muzej Banata – Temišvar, Temišvar, Rumunija
- Slovački narodni muzej – Muzej u Martinu, Martin, Slovačka republika
- Muzej grada Rijeke, Rijeka, Hrvatska
- Pomorski i povijesni muzej hrvatskog primorja, Rijeka, Hrvatska
- Landes Museum Joanneum, Grac, Austrija
- Civici Musei di Storia ed Arte, Trst, Istalija
- Bàcs-Kiskun Megyei Önkormányzat Múzezmainak Szervezete, Kečkemet, Mađarska
- Muzej grada Zagreba, Zagreb, Hrvatska
- Pokrajinski muzej Maribor, Maribor, Slovenija
- Mesni muzej Ljubljana, Ljubljana, Slovenija
- Musei Provinziali di Gorizia, Gorica, Italija
