Одељење је формирано одмах по оснивању Војвођанског музеја 1947. године. Током развоја Музеја организациона структура Историјског одељења више пута је мењана. Општи историјски одсек основан је 1949. године, а касније се стварају: Одсек за позоришну уметност (1952); Одсек за класичну историју са нумизматиком и епиграфиком основан је 1953, а од 1969. године налази се у оквиру Археолошког одељења; Одсек за примењену уметност (1955); Одсек за историју физичке културе и спорта Војводине (1974). Оснивањем Позоришног музеја Војводине (1982), угашен је Одсек за позоришну уметност. Од 1992. године, када је дошло до интеграције Војвођанског музеја са Историјским музејем Војводине (1992), Историјско одељење подељено је на два одсека: Одсек за старију и културну историју Војводине и Одсек за новију историју.
Од формирања до данас рад свих одсека Историјског одељења усмерен је на прикупљање музејских експоната и грађе, обраду и инвентарисање прикупљеног материјала, прикупљање и одабир експоната и њихово презентовање на тематским изложбама као и на писање текстова за каталоге појединих изложби и публиковање стручне грађе коју садрже фондови Историјског одељења.
